[__sa__nya]

egorus2010, у нас в компании это все реализовано на основе 1С:Документооборот КОРП.
У нас нет чертежей, макетов и т.п, как у вас. Зато у нас куча клиентов с их договорами, допиками и прочими документами. Несколько юридических компаний в пределах одной фактической, куча сотрудников. И как раз нужно все "разложить по полочкам". В вашей ситуации так же все может быть "разложено по полочкам" с подощью конфиги ДО. Присваивание номеров, отображение миниатюр - все это есть. Файлы будут храниться не в бД ( SQL), а в томах файлов ( настраивается в базе). Вам нужно:
1. Деньги на конфигу и 1С
2. Деньги на грамотного внедренца и программиста чтобы настроить конфигу под вас.
3. Сервер где будет "крутиться" ПО и располагаться база.

[Busla]

egorus2010,
Это должно быть решение для единственного пользователя (фрилансера) или для команды/предприятия?
Нужен конечный продукт под ключ, или интересует какой-то обзор платформ, на основе которых можно реализовать подобное?
Это должно быть on-premise решение, или возможен облачный сервис?

Как организовать хранение ссылок на эти файлы? »

Это утопический путь, потому что подход опирается на "классовую сознательность" и профессионализм пользователя.
Впрочем, если у вас внедрена в том или ином виде система постановки задач, можно попробовать отслеживать изменение/создание файла и накидывать пользователю задачу на документирование.

[egorus2010]

1. Это группа пользователей
2. Видимо, конечный продукт
3. Почему утопический? Ведь базу данных вначале всегда забивают ручками. Ведь все лежит в папках, где могут быть файлы одного типа, но имеющие разное значение - макет, какие-то заготовки, отдельные графические файлы и пр. - значит, автоматом такое не заполнить.
Значит, руками. Значит, сознательность. А как по другому?
Даже если придумать идеальную систему называния/нумерации отдельных компонентов одного макета - их все равно первоначально будет делать человек.