[Busla]

egorus2010,
Это должно быть решение для единственного пользователя (фрилансера) или для команды/предприятия?
Нужен конечный продукт под ключ, или интересует какой-то обзор платформ, на основе которых можно реализовать подобное?
Это должно быть on-premise решение, или возможен облачный сервис?

Как организовать хранение ссылок на эти файлы? »

Это утопический путь, потому что подход опирается на "классовую сознательность" и профессионализм пользователя.
Впрочем, если у вас внедрена в том или ином виде система постановки задач, можно попробовать отслеживать изменение/создание файла и накидывать пользователю задачу на документирование.