Если диск на шлейфе единственный, то его надо сконфигурировать перемычками как ведущий (Master) и подключать только к крайнему (дальнему от контроллера) разъему шлейфа. Неопытные пользователи часто «втыкают» в диск средний разъем, думая, что чем ближе к контроллеру, тем сильнее сигнал и меньше помехи. Это было бы верно при условии, что нерабочая часть шлейфа аккуратно обрезалась бы. Практически никто так не делает, поэтому сигналы проходят до «висячего» конца, отражаются и накладываются на оригинал, приводя к искажению и потере данных.

При этом шлейф PATA несимметричен: к контроллеру (материнской плате) следует подключать исключительно синий разъем, а к диску Master – черный. В синем разъёме контакт #34 заземлён и не соединён со шлейфом (по этому признаку контроллер отличает 80-жильный шлейф от 40-жильного). Черный разъем расположен на противоположном конце шлейфа, у него все контакты соединены со шлейфом.

К среднему разъему шлейфа (серого цвета) можно при необходимости подключить второй диск, сконфигурированный обязательно как ведомый (Slave). У серого разъема контакт #28 не соединен со шлейфом (это нужно для редко используемой конфигурации Cable Select, когда ЖД автоматически получает статус Master или Slave в зависимости от разъема подключения). Помимо цвета, разъемы могут быть помечены надписями, а также снабжены пластиковыми «лепестками» для удобства разъединения.

Два диска Master (или два Slave) на одном шлейфе недопустимы: помимо некорректного опознавания в BIOS возможны далеко идущие последствия, вплоть до необратимой порчи данных на дисках. Даже при правильном конфигурировании, два ЖД на одном шлейфе ощутимо тормозят друг друга, поскольку работать им приходится поочерёдно (как правило, диск захватывает канал на всё время выполнения операции). Взаимное влияние ещё резче выражено, если с ЖД соседствует более медленное устройство, такое как привод дисков CD/DVD. Оптические накопители всегда надо «сажать» на отдельный шлейф, мелкая экономия здесь неуместна.