[Avatar-Lion]

Я бы на вашем месте именно в отдельный каталог ставил всё. Вроде того, как вы предложили (C:\opt), чтобы точно не было проблем с правами, пробелами и прочей ерундой. Формально ProgramData тоже подходит под ваши нужды, но там много кто хранит свои настройки: система, программы, игры, драйвера... Короче, вы сами же запутаетесь в итоге где ваше, а где не ваше. Шлёпните случайно подкаталог не тот какой-нибудь в этой ProgramData и будете потом с глюками на ровном месте разбираться. Вам оно надо? Реально, организуйте отдельную папку и туда скидывайте всё необходимое ПО.

Насчет бэкапа - это уж сами смотрите. Если настроен бэкап только отдельных каталогов типа C:\Windows, то вашу C:\opt придется добавить в список того, что нужно бэкапить. Если же архивируется весь диск С: целиком, то ничего делать не нужно. UAC вас беспокоить не должен, ибо с точки зрения системы C:\opt является обычной папкой и UAC мешать должен не больше, чем при работе с любой другой директорией. Реестр тут вообще никаким боком. Если ваше ПО вносит в реестр записи о путях установки, то ему без разницы какой путь прописывать - ProgramData или opt.

[Bibelwort]

Avatar-Lion, да, согласен, что можно нарваться на проблемы с именами. Некоторые GUI-программы, написанные с использованием Qt хранят свои настройки в системных и пользовательских папках..
А как тогда правильно настроить права на эту кастомную папку? По умолчанию, если создать в корне директорию, то у нее в настройках прав для группы Authenticated Users ставятся полные права, то есть все пользователи смогут туда писать. Правильно ли я понимаю, что для этой папки лучше настроить права аналогичные Program Files? (Правда там есть непонятные для меня trusted installer, CREATOR OWNER, SYSTEM и ALL APPLICATION PACKAGES).
В данном случае мне наоборот нужно защитить эту папку от влияния пользователей (прямого или косвенного через саму программу), чтобы если приложение захочет сохранить настройки или другие файлы в свою папку, то UAC направит ее в AppData конкретного пользователя (это я все прочитал у Вадима Стеркина здесь). То же относится и к реестру - программа может писать настройки в системную ветку, а может в пользовательскую - в моем случае хотелось бы, чтобы в пользовательскую.

[Iska]

Bibelwort, можно устанавливать и в C:\PROGRA~1 (обычно так), если не отключено создание коротких имён формата 8.3.

- в моем случае хотелось бы, чтобы в пользовательскую. »

Куда оно будет писать — зависит только от самого приложения.