[Erekle]

можно часто встретить что-то типо: "в ходе работы с ОС реестр засоряется ненужными ссылками, ведущими в некуда, что увеличивает его размер. »

Не размер главное, имхо, а то, что система часто обращается к какому-то важному для её исправной работы файлу, например, activeX файлы, драйверы. Многие программы оставляют запись в реестре о них после удаления, или, реже, вносят туда некорректные данные (несколько программ у меня запускались только после удаления "битых" ссылок.

Какая лучше, трудно сказать. Практически о каждой кто-то скажет похвалу, а кто-то обязательно заметит, что та что-то испортила. Можно говорить, какая стабильнее и качественнее - или как сказал infod, надежнее.

Если об удалении неисправных ссылок, то:
Тот же CCleaner (бесплатный)
Norton WinDoctor
RegCleaner (бесплатный) и RegSupreme - отдельно и в составе jv16
Reg Organizer
Registry Mechanic
WinTools.net Pro
WWR (Work With Registry) (бесплатный)
RegCure
RegistryFix

(Я в основном применял первые три. Но удалял что-то обязательно в ручном методе, не автоматом (даже если записей больше сотни - это не касается обычных ссылок из истории открытых документов и файлов), и только после уверенности, что ничего не путаю. В противном случае иногда могут быть "последствия". )