[Blast]

Конвертировать можно, как уже советовал Severny, подробнее здесь: Как выполнить конвертацию файловой системы FAT32 » NTFS или обратно

[zweck]

Таким образом:
- форматирование приводит к потере данных,
- а конвертирование -> преобразует файловую систему из одной в другую и данные не теряются?

[Blast]

Именно так. Иногда (очень редко) бывают проблемы с доступом или с кириллическими именами файлов, но в основном это происходит при обратной конвертации NTFS > FAT32
В любом случае будет полезно предварительно сделать резервную копию системного раздела, это можно сделать при помощи программ типа [url=http://www.symantec.com/sabu/ghost/ghost_personal/]Norton Ghost или Acronis True Image.