[Angry Demon]

А кто, по Вашему будет работать с ssd, если не hdd?

Вы несёте ахинею. Диск с диском не работает. ОС работает, а одной железке-хранилищу пофиг, что там на другом. Если, опять же, клуб "очумелые ручки" не установил ОС так, что загрузчик находится на одном диске, а сама ОС на другом.

программа установленна на ssd, а файлы, созданные этой программой, хранятся на hdd, то при обращении ssd к hdd

Ещё раз, диск ни к чему не обращается. Вам пора почитать учебник по ОС.

P.S. А в корпоративных средах рабочие станции, на которых установлены программы всякие, вообще работают с данными, хранимыми на удалённых серверах, вот ужас то! И не знают их диски, какая там разметка у удалённых хранилищ.

[Odisseus]

Замечено, что если диск с MBR, то обновы отказываются устанавливаться. Бред вроде, но как только сконвертил в GPT, так сразу полетели обновы. Странно... Соответственно, ответ на Ваш вопрос - GPT. Ну а с динамическим диском лучше не связываться, да и система должна работать с основного базового раздела.

[gannet]

"Винда установлена на ssd, а hdd остался неверифицированным" - я тоже точно не помню как это называется, но знаю, что в подобных случаях в Управлении дисками такой диск как минимум "Не в сети", а бывает такое [не всегда] при установке двух дисков с активными системными разделами, особенно при их клонировании. Происходит такое, скорее всего, из-за совпадающих подписей-GUID (пример решения), при этом первый диск работает нормально, а второй не инициализируется при старте Windows и не виден в проводнике, однако при небольших усилиях со стороны пользователя включается, НО! его загрузочная запись становится некорректной (и чтобы загрузить Винду с HDD придется ее перегенерировать).
Так что то, с чем вы столкнулись не есть конфликт mbr/gpt/ahci/ide/ssd/hdd в любых сочетаниях, а лишь самозащиты/регуляции механизма Загрузки Windows (при сбоях которой ... сами понимаете)

[Александр К.]

Замечено, что если диск с MBR, то обновы отказываются устанавливаться. »

Мудрый Козьма Прутков говорил: "Если у тебя спрошено будет: что полезнее, солнце или месяц? — ответствуй: месяц. Ибо солнце светит днём, когда и без того светло; а месяц — ночью."
Odisseus, Вы сколько раз проверяли своё "Замечено"? Одного раза хватило, чтобы сделать глубокомысленный вывод?