[paranoya]

Если перемещаемый профиль и перенаправление папок сделано верно, то всё должно работать корректно.
У меня W10 и 1511, и 1607 не сломали работу перемещаемого профиля и перенаправляемых папок. Юзеры даже не заметили, что у них что-то не так, кроме смены ОС.
Схема у меня такая:
\\userdata\%username%\profile (так прописано в учётке юзера)
\\userdata\%username%\Documents
\\userdata\%username%\Desktop
\\userdata\%username%\Appdata

Соответственно, физически на диске всё выглядит так:

\\userdata\%username%\profile (остатки от WinXP)
\\userdata\%username%\profile.v2 (W7)
\\userdata\%username%\profile.v6 (W10)
\\userdata\%username%\Documents
\\userdata\%username%\Desktop
\\userdata\%username%\Appdata