svmt
С помощью InqSoft Sign 0f Misery и InqSoft Window Scanner (взять можно
на этой странице) я писал себе маленькие загрузчики, которые проверяли перед запуском программы наличие в памяти ее окна, не давая, таким образом, запускать программу дважды. Как вариант, думаю, с помощью этих инструментов можно создать программу, которая будет убивать одно из окон, если обнаружит их два. Посмотрите, может, это подойдет и вам.