[vadblm]

Загрузчик ставится в нулевой сектор диска (MBR). Можно одного, можно каждого - как пожелаете.

По изначальной теме. У вас есть следующие варианты:
- Использовать BBS меню биоса, при загрузке каждый раз выбирать диск, с которого грузиться. Загрузчик на каждом диске свой. Самый простой и безгеморройный вариант. Вы говорите, что у вас нет такой опции, но простите, в это слабо верится. Разве что ПК у вас 10 лет от роду или около того.
- Использовать бутменеджер FreeBSD (boot0). Ставится в MBR первого диска, при загрузке автоматически определяет активные разделы, их тип и представляет меню загрузки. Установка - boot0cfg -B <диск> , что можно выполнить например с LiveCD. Просто, главное только диски не перепутать.
- Использовать сторонний загрузчик, понимающий и Windows, и FreeBSD, например GRUB. Простота зависит от конкретного ПО и знакомства с ним, скажем тот же граб новичка может в ступор ввести. Хотя его инкарнация wingrub довольно проста в использовании.
- Загрузка через NTLDR, собственно тот вариант, что вам почему-то приглянулся, хотя он самый геморройный. Вот статья, человек делает ровно то, чего вы хотите. Смотрите, не запутайтесь в дисках.

Поскольку вы почему-то боитесь запортачить загрузчик ненаглядной винды (кто мешает сделать его бекап? да и восстанавливается он примитивно fdisk /mbr), то повторю, изучайте FreeBSD в виртуалке, например VirtualBox. А когда созреете, можно при желании спокойно перенести систему с виртуальной машины на физическую.