[Elven]

Можно. Очень просто и надежно это решается групповыми политиками. Вот статья, она правда длинная, но если долистать до "Ручное создание параметра реестра с помощью групповых политик" очень подробно написано что нужно сделать.
А через cmd этот вопрос решать будет долго, нудно и бесперспективно. Если же принципиально колупаться через cmd, то советую смотреть не в HKCU, а в HKU (потому как раздел HKEY_CURRENT_USER является подразделом раздела HKEY_USERS).

[DJ Mogarych]

Если есть корпоративный Каспер, он умеет удалять ПО.
Возможно, у софта есть свой деинсталлятор, который тоже можно с ключами вызвать.

[greg zakharov]

потому как раздел HKEY_CURRENT_USER является подразделом раздела HKEY_USERS

Куст HKCU загружается всякий раз для текущего пользователя и технически является ссылкой (отражением) раздела реестра HKU\CurrentUserSid, а не подразделом.

[Elven]

greg zakharov, я не против, но MS думает по-другому

[greg zakharov]

Elven, да нет, MS по-другому не думает, скорее неточна в некоторых формулировках. В целом, суть одна и та же.