Код:

@echo off
chcp 1251>nul
set muxer="d:\ProgrammMMS\VideoToolnix MaxiSoftware\Toolnix\MKVtoolnix\mkvmerge.exe"
set out=--ui-language ru --output "New\%%~NA.mkv"
set vid=--no-audio --no-subtitles --language 0:und --default-track 0:yes --forced-track 0:yes "%CD%\%%A"
set aud=--language 0:rus --default-track 0:yes --forced-track 0:yes "%CD%\%%~NA.mka"
set sub=--language 0:rus --default-track 0:yes --forced-track 0:yes "%CD%\%%~NA.ass"
set Intfonts=
set par=--engage no_cue_duration --engage no_cue_relative_position --disable-track-statistics-tags --track-order 0:0,1:0,2:0
rem 
FOR %%A IN ("*.mkv") DO (
echo Packing File: "%%~NA"
%muxer% %out% %vid% %aud% %par% %Intfonts%>>log.txt
)
exit

Код:

@echo off
chcp 1251 >nul
title=Переупаковка с удалением ненужных дорожек
set muxer="d:\ProgrammMMS\VideoToolnix MaxiSoftware\Toolnix\MKVtoolnix\mkvmerge.exe"
rem указать  путь к mkvmerge.exe!
rem что не указано в параметрах ком.строки будет перенесено из ор.файлов ибо выставлены умолчание в итоговых файлах 
set out=--ui-language ru --output "%CD%\New\%%~NA.mkv"
set packtype=--audio-tracks 1 --subtitle-tracks 3 "%CD%\%%A"
rem обращаю внимание это ИД потока
rem какие треки оставить через запятую считать от 1 (стандартно).
rem Выбор аудио через --audio-tracks Выбор субтитров через --subtitle-tracks
rem что удалить видео\аудио\субтитры\файлы  no-video\no-audio\no-subtitles\no-attachments
set par=--engage no_cue_duration --engage no_cue_relative_position --disable-track-statistics-tags 
set aud=--language 0:rus --default-track 0:yes --forced-track 0:yes "%CD%\%%~NA.mka"
rem Добавляет аудиотрек, имена должны быть как у видео! за исключение расширение 
set sub=--language 0:rus --default-track 0:yes --forced-track 0:yes "%CD%\%%~NA.ass"
rem Добавляет субтитры, имена должны быть как у видео! за исключение расширение 

FOR %%A IN ("*.mkv") DO (
echo Обработка файла: "%%~NA"...
%muxer% %out% %packtype% %par%>>log.txt
rem добавляем выше строку переменную %aud% для аудио %sub% для сабов, писать после %packtype%!  
echo Файл Перепакован в "New\%%~NA"!
)
exit