[vadblm]

Какую почтовую систему вы используете угадать предлагаете?

В принципе, когда у меня стояли подобные проблемы, решал по нескольким фронтам:
— введение мягких/жёстких квот
— внушение юзерам "почисти свой ящик, или в один момент перестанешь получать почту"
— расширение дискового пространства на сервере

Бэкапить почту на *nix при использовании Maildir проще простого, это ж просто директории и файлы.