[Zmey]

Не вижу особых траблов.

Делаешь primary partiton активной, ставишь на нее Win98, с помощью инсталяционного диска Win2k восстанавливаешь загрузочный сектор - и нет проблем!!!

Еще проще все решается с пом. Линуха или Юниха:
dd if=<раздел_с_системой> of=<выходной_файл> bs=1 count=512
так копируешь загрузочные записи необходимых систем и подсовываешь их загрузчику винды в качестве файлов. Что-то типа такого в boot.ini:
C:\bootsect.bsd="FreeBSD 4.5"
Вот собственно и все!