[WildNP]

Пауза то есть, но если нажать паузу и звкрыть окно программы, то все задания прерываются (пишет abort) и при следующем запуске программы все начинается с нуля.

Всё правильно. Запаузить можно процесс, но если его прервёшь, то всё заново. Продолжать после останова кодеры пока не умеют, насколько я в курсе.
Вот с гибернейтом действительно интересно. Примем к сведению. Возможно, его специально отключают, так как процесс всё равно не возобновляется.

Кстати я тоже вчера заметил такую беду - кнопка пауза на х.264 не действует! Он все равно продолжает кодить блин...

Уточни, плиз, ты сам кодер запускал из командной строки (ну, или bat, cmd) или через гуи какой-нить?