Блокировка Mail.ru агента.
 

Подскажите как мне лучше сделать так чтобы сотрудники немогли пользоваться данной прогой?

На какой адрес она конектиться и порт?

Правильнее закрыть все порты, а потом открывать ftp, http, pop и smtp.
На самом деле если сотрудники организуют туннель через любой открытый вами порт, то вы это особо и не заметите (только трафик вдруг по нему возрастёт).

Проще всего запретить на фаерволе сам сервер "mail.ru" или сеть для всех внутренних хостов "за исключением"
(кого вы там хотите пощадить).

Что касаемо портов, то помоему все было описано на самом "mail.ru" - ищите.

P.S. А лучше вообще всех через прокси и лишить прав админов. Жить спокойнее будете.