как безболезненно удалить загрузочный сектор не на диске с системой
 

Вообщем пришлось повозится с воостановлением загрузочного сектора, пробовал разные команды, в том числе bootsect /nt60 all /force, я так понимаю она копирует загрузочные файлы на все диске, как их теперь удалить?

brokman, дайте более полную информацию, какова конечная цель?

я восстановил загрузку с диска С, всё работает надо удалить лишнее

Так что можно удалить папку boot не из системного диска?

brokman, я задал вам вопрос, т.к. вы не совсем верно представляете себе процессконкретно эта команда не копирует никакие файлы.
Раздел, с которого идет загрузка имеет в названии "Системный", если у вас на других разделах есть папка BOOT, то в загрузке она не участвует, значит, можно удалять.

У меня два один ssd, один встроенный жесткий и один внешний, почему всегда после переустановки винды на ssd, загрузочным(системным) является не С, а D. В управлении дисками(винды переустановил сегодня) до переустановки винды диск D был активен и имел статус Система, так вот я это поменял, деактивировал и перенем загрузочный сектор как и полагается на диск С и диск D стал просто основной раздел. Так вот после сегоднешней переустановки картина стала такой же, менял загрузочный сектор и теперь хочу удалить папку boot, спасибо понял, что можно её удалить, а как её удалить, прав не хватает?

Удалил unlockerом, а папка EFI в корне диска C её можно удалить? она не является системной

Она вам мешает? Или занимает много места? Не трогайте... от греха подальше