Видит ли провайдер порты?
 

Насколько я понимаю провайдер не может видеть порты, по которым я соединяюсь с сервером, т. к. TCP протокол расположен поверх IP, он видит только поток траффика. Порты ведь работают на конечных узлах. Или я не прав?

может.
хотите шифроваться от провайдера - шифруйте трафик

Как чихнуть. :) Через провайдера идет весь трафик. Определить TCP, UDP и прочие стандартные виды трафика не составляет труда.
В подтверждении того можете бегло посмотреть возможности программ маршрутизаторов. В частности фильтрацию по портам. (Применяется в основном в корпоративных сетях, но чем провайдер хуже?)