Уменьшение объема содержимого iso файла.
 

Имеется file.iso который нужно распаковать. Приоткрывании прогами для работы с CD образами объем данного содержимого файла почти 3ГБ при том что на диска сам образ занимает стандартные 700МБ. "Виновники торжества" две большие DLL каждая ~800MB лежат в корне диска ultraISO так же отражает их размер в секторах. Подобные уловки используют разработчики для защиты от копирования своих дисков. Принцип доволно прост там один и тоже файл ссылается на разные сектора и за счет этого его размер раздувается. Какой программой можно распаковать или перегнать в другой образ диска чтобы содержимое образа стало "нормальным"?

Это на то и "образ", чтобы содержать подобные нюансы формата CD-ROM.

Что значит "нормальным"?
Эти dll не для одной только красоты там, скорее всего, лежат - наверняка что-то из них читается или проверяется наличие и размер. Т.е. чтобы содержимое осталось работоспособным эти dll должны остаться такими, какие они есть.

Как то мне приходилось редактировать, для этого я менял расширение на RAR, а после редакции в обратном порядке, тогда у меня получилось, в вашем случае можно тоже попробовать.

Можно еще воспользоваться PowerISO 4.2 Программа для создания, конвертирования, изменения (добавление, удаление и извлечение файлов) и монтировки образов.PowerISO 4.2

любой.
А упаковать обратно - с помощью программы cdimage (найдешь поиском)

ЗЫ: то же мне, защита)

Я наверно не правильно задал вопрос. Как мне сделать эти "мегафайлы" приемлимых размеров?

Легально - никак, потому как именно на этом и основана защита. Только ломать защиту.