Вирусы наверняка присутствуют.
Проверять с помощью сканера конечно можно.
Скачайте
Flash Disinfector и запустите утилиту при вставленной флешке.
Утилита вылечит неисправности с открытием дисков и создаст с корнях дисков и флешке папку autorun.inf для предотвращения распрастранения инфекции.