1. Настроить ftp-сервер, чтобы отвечал клиенту не в UTF а в cp1251, если такое в данном конкретном случае возможно;
2. Использовать клиент, который умеет нормально работать с UTF. Возможно Filezilla поможет;
3. Не создавать файлов и папок с русскими именами;
4. Какие-то другие танцы с бубном
P.S. с сетевыми хранилищами вплотную не сталкивался, посоветовать что-то конкретно затрудняюсь
P.P.S. в связи с тем, что крутится все под Linux п.1. скорее всего осуществим
