[nmn]

вообще дефрагментация ускоряет чтение, запись файла. Если они просто лежат, то особо можно не беспокоиться
кстати насчет прав доступа, дефрагментация происходит на более низком уровне чем тот которым пользуются приложения, доступ к диску осуществляется через один менеджер, даже при работающей дефрагментации можно получить доступ к дефрагментируемому файлу

насчет невозможности дефрагментировать, возможно программа сделала вывод о нецелесообразности их дефрагментации, например фрагментирована малая часть файла или еще какая причина