Запускайте msconfig от имени администратора так же как и
cmd
Вариант 2 - временно дайте юзеру права администратора, а после правки автозагрузки отнимите
Вариант 3 - в реестре редактируте, в разделе HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
для каждого пользователя в разделе HKEY_USERS\
S-*-*-**\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run - SID пользователя можете узнать в этом разделе реестра: HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\ProfileList - смотрите каждый SID в нем параметр ProfileImagePath, его значение равно папке профиля пользователя
