[recop]

DPavlik82, ключи внесены и сразу после установки именно в HKU\.Default имеют заданное значение, а в HKCU\SOFTWARE в любом случае "yes". Интересный случай. Вручную реестр не правил.
По порядку:
1) по отношению к аддону выполняю инструкции в соответствии с данной темой (wmp.inf,wmp11ru.inf), одна из целей убрать ярлыки WMP11.
2) На всякий случай дублирую настройку в аддоне MyCustom в секции [HKCU.AddReg].
3) внедряю аддоны в чистую систему.
4) устанавливаю.

Результат: ярлыки на месте.
Реестр HKU\.Default... - "no", HKCU\SOFTWARE... - "yes"

Где собака зарыта?*

Используйте это средство для интеграции в дистрибутив только обновлений (расширений) Windows »

Пользуюсь интеграцией с Win'98. Правда с большими перерывами. Использую исключительно для обновления системы и внесения твиков (3-dllsfull, 3rdParty, IE7_Reload, IE7Pro, WMP11RUS, DelVideoDrv, DelWinTOUR, DirectX, Msgina, MyTheme, Win_Cruglysh, DjVuLite, FindTarget, path2clip, Punto_Switcher, KLiteCodec, Paint.NET336, VC2, MyCustom, Z_DRV_INST).
Полностью разделяю Ваше мнение.

Все программное обеспечение (даже свои аддоны) устанавливаю с помощью RunOnceEx.cmd.