[YuriPet]

SamLab
Ключевая фраза "при определенном количестве аддонов".
Я уже неоднократно высказывл свое мнение: Чрезмерное количество аддонов - ЗЛО!
Используйте это средство для интеграции в дистрибутив только обновлений (расширений) Windows, как операционной системы.
Все приложения правильнее будет устанавливать с использованием, например, BS Post Installer.
Следуйте этому правилу - избавитесь от огромного числа вопросов, "глюков" и прочей напасти...

В каких случаях HKU\.Default не отрабатывает? »

DPavlik82 совершенно прав.
Смотрим: Применение твиков реестра во время установки системы

HKEY_USERS\.DEFAULT Я обратил внимание, что участники конференций MSFN и OSZone пытаются использовать этот раздел для импортирования HKCU твиков, рассчитывая применить их ко всем пользователям. Не исключаю, что в некоторых случаях это сработает. Однако вы уже знаете, как это сделать правильнее и надежнее. Более того, HKEY_USERS\.DEFAULT скорее относится к настройкам, регулирующим процессы до входа пользователя в систему (например, раскладка клавиатуры по умолчанию).