[gora]

или скрипт для пропатчивания непосредственно в самом дистрибутиве тоже содержит такую ошибку? »

Это не ошибка скрипта, а принцип в нем заложенный.
Скрипт патчит ресурсы по именам файлов (для каждого файла есть папка с ресурсами в ResPatch-e) и не может различать версии одноименных файлов расположенных в разных папках системы. Список системных папок в скрипте ограничен, но если файл с указанным именем будет найден несколько раз в разных местах, то и пропатчатся все эти найденные файлы, не зависимо от их версий. Необходимость пропатчивать файлы с одинаковыми именами во все найденных местах вызвана тем, что Windows кеширует некоторые из пропатчиваемых файлов.