[Matvey]

Возможно, проблема кроется в том, что Ваш винт переполнен большим количеством мелких файлов (например, закаченные странички HTML содержат много мелких файлов или, например, дистрибутив WinNT), которые "насыщают" FAT (file alocation table) дополнительной служебной информацией, и которая при создании новой папки в проводнике обновляет эту самую FAT. А, поскольку, винт Ваш не настолько быстр, то и результат на лицо.
Рекомендация: разбить винт на несколько логических дисков, или устанавливать систему на небольшой, но высокооборотистый диск, а все данные хранить на другом диске, который будет побольше и возможно помедленнее, что будет подешевле, если их приобретать. Также для дисков меньше 2 Гб необходимо устанавливать FAT32 (на б'ольших FAT16 не работает).