Понятно. Скачайте программу
MPEG4 Modifier, откройте её, загрузите нужный файл, затем в правом поле Custom (их там два) введите значение 5:4. Сохраните файл, желательно под другим именем, чтобы иметь возможность вернуться к оригиналу в случае чего.
Видео было закодировано некорректно. Видимо, значения разрешения или соотношения сторон выставлялись вручную (а может, программа кодирования кривая).
Вы сами кодировали видео? Какой был исходник?