[CyberNinja]

По идее если установить расположение Джампера на Харде "Slave", "Master", "Cable select" и установить винду, то да без разницы.
А теперь задумаемся, А ХДД SATA? Если да, нужно перемычку убрать, и в биосе перенастроить определение харда как ИДЕ, отключить устройство чтения компакт дисков.
И проверить.
Если ИДЕ, в настройках определения бут девайса, под пункт ещё есть, в каком порядке следовать и какое количество секунд определять хард.
Хард не успев зацепится, не грузит систему, со второго раза система по дефолту прогоняет устройства, первое попавшееся загружается, в данном случае "Slave", установите на "Master".