[BXA]

upd между версиями - это значит копировать эти файлы в апдейт-пак поверх, с заменой файлов. »

Файл UPD - кумулятивный, то-есть содержит все изменения с первой по последнюю версию.

Если апдейтов несколько, то их надо распаковывать подряд строго по возрастанию номеров.
После распаковки последнего апдейта вы получите полную версию UpdatePack

Я имею в виду, что файл upd в архиве окажется при этом из последнего апдейта - в этом ничего страшного? »

Ничего страшного, именно так и должно быть...