glassMonk

Это не компилтор, а подобие системы проверки зависимостей.

Я точно не знаю где лежат все конфики php, попробуй создать бекап их и удали все что связано с конфигурациие php в системе(по моему главный это файл php.ini и модули которые apache подгружает), установи php с подержкой jpeg и выполни phpinfo(); должно получиться, если че все востановиш назад.

Но по все задумке должно получиться на 99%, так как у тебя якобы новый php появился.
И еше когда выполниш make install глянь на сам процесс копирования, нет ли там ошибок и подобного, или предепреждений что такой фаил уже существует так что мы не будем его заменят.

Прочел ещераз твои вопрос сверху и вот, что если ты перепутал ./configure с компиляцие.
Хотел спросить:
1.  ты выполнял такие команды make и make install (Извени за такой глупый вопрос)
2.  Какой дистрибутив у тебя.
Сейчас начнем плесать от этого