[exo]

Не все ПО имеет MSI пакеты. »

как раз всё ПО. Вы когда запускаете install.exe - он в свою очередь запускает MSI файл, находящийя где-то внутри, может ехе-ка, может cab.
Попробуйте запретить через GPO MSI и установить, к примеру, QIP, который имеет только qip.exe