[dimon1947]

Простите меня за занудство, но я опять не понимаю. »

Начнем сначала. Мне нравится ваше упорство в поиске истины.
Но!
Во-первых твики которые в шапке - нужно добавлять самому!
По моим наблюдениям они срабатывают надежнее, если находятся в
WMP11RU.IN_. Но и в аддоне MyCustom тоже срабатывают.
Во-вторых ярлыки с рабочего стола и квик-ланча исчезают при изменении yes на no
только в wmp.inf, даже если в WMP11RU.IN_ они не исправлены.
В установленной системе в реестре в разделе HKCU,"%WMP%\Preferences
вообще отсутствуют приведенные вами записи:

HKCU,"%WMP%\Preferences","AcceptedPrivacyStatement",0x10001,1
HKCU,"%WMP%\Preferences","StretchToFit",0x10001,1
HKCU,"%WMP%\Setup\UserOptions","DesktopShortcut",,"yes"
HKCU,"%WMP%\Setup\UserOptions","QuickLaunchShortcut",,"yes"
Куда они деваются не знаю. Проверить можно экспериментом.

Из всего этого выходит, что во время установки приоритетным является wmp.inf.
А теперь обратите внимание, что приведенные вами записи раздела HKCU
в wmp11ru.inf мягко выражаясь не совсем похожи на записи в wmp.inf.
Лично я ничего не удаляю и только вношу изменения в оба файла.
Ярлыки убираю в обоих файлах.
Ну и в заключении скажу, что любое рукотворчество имеет массу мелких ошибок.
Увы идеального ничего не существует!