[pwei]

advin, при команде list domains отображается список доступных доменов, если домен, который нужно удалить там присутствует - отлично, идем дальше(не выбираем его). Выполняем select naming context и внимательно смотрим есть ли контексты, относящиеся к интересующему домену. В моем случае было 2 контекста, я выбрал один - quit - remove selected naming context. Затем снова заходим в select operation target и выбираем сайт, домен, контекст - quit - remove selected domain.

ЗЫ. (на всякий случай) list domain показывает нам пронумерованный список доступных доменов. select делаем по номеру домена, а не по имени.