[BuGfiX]

А как в таком случае вайну в графике указать нужные path'и »

Можно сделать враппер, и запускать уже его:

#!/bin/bash

WINEDEBUG=-All
export WINEDEBUG
cd /path/to/program
wine program.exe &

Не забудьте сделать его исполняемым.