[menpavel]

начали замечать, что сервер начал тормозить и очень часто вылетает MYSQL. »

Имхо, может решить эти проблемы? Вероятно, сервер работал до какого-то момента нормально.
А по поводу Linux сервера прийдется всерьез помучиться, я вас уверяю, с первого раза мало что хорошего получиться. Лучше восстановить то, что было. И параллельно заниматься Linux сервером. Советую читать литературу, для начала, например, книгу Д.Колисниченко "Linux полное руководство". Она старая, но помогла мне когда-то. Также поишите на торрентах архив с книгами (около 2 гб) по Linux. При первоначальной настройке Linux сервера ваше основное занятие будет чтение.