Junos, из скрипта я не понял, почему ставиться этот ярлык, судя по всему вы дали не полный скрипт. Если он прописывается всё равно, то можно удалить его с помощью cleanup.cmd, т.е. делаете cleanup.cmd в котором прописываете удаление этого ярлыка. В секции
Files прописываете копирование cleanup.cmd в папку с приложением с флагом удаления после установки программы, а в секции
Run прописываете запуск этого *.cmd. Т.е должно получиться так:
Код:

[Files]
…………………………
Source: J:\cleanup.cmd; DestDir: {app}; Flags: deleteafterinstall
………………………………
[Run]
Filename: {app}\cleanup.cmd; WorkingDir: {app}; Flags: runhidden
deleteafterinstall – указывает инсталлятору устанавливать файл как обычно, но удалять его после завершения (или прервания) установки;
runhidden - программа запустится в скрытом окне.