D_Master

А что, если сделать так:
1. Кидаем в %windir%\system32\dllcache какое-нибудь чек-файло (почему в dllcache - потому что юзверь папочку не видет, следовательно, обнаружить будет трудняцко, даже если батник вскроет)
2. Читаем это файло, если все файлики (а чеков у нас будет как минимум три) на месте, идём дальше, если чего-то не хватает, идём в ребут. Тихий ребут можно сделать тем же XPTweaker'ом.
3. Если всё файлы на месте делаем следующее: задаём дату Х, по достижении которой система подыхает:

Что я хотел этим сделать - проверяем три файа, если всё окей, идём к чекдэйт. Если заданная дата Х соответствует текущей дате, удалить бут-ини, из-за чего (сначала я думал), система грузится перестанет. Хрена с два! Грузится как ни в чём не бывало! Соответственно вопрос: что можно удалить, чтобы система перестала грузится (чтобы всю папку WINDOWS не дэлетить.

Сейчас только пришла мысля - может быть проверять реестр на наличие каких-нибудь строковых параметров, к примеру?