[Аlchemist]

если я разграничиаю права доступа к папкам на сервере ubuntu , то при досупе к ним пользователей будет ли server ubuntu просить автоизации? »

в зависимости от того, какой тип авторизации вы используете
security = user - по юзерам на убунту сервере
security = share - проходной двор
security = ads - доменная авторизация

Или же можно сделать соединение по лдап с Виндовым домен контроллером, при котором никаких окон не будет вознкать »

можно и так сделать, через авторизацию в виндовом домене - тогда все будет происходить прозрачно для пользователя