[Dan Swano]

Решение найдено на одном из форумов:

The shutdown command in windows 2003 also fails restarting a remote comupter as reported in MS KB834100. A workaround to solve is DISABLE the "Do not require CTRL + ALT + DELETE" policy. After that all is OK.

Так я и сделал, для тех, кто не силен в английском:

1. Открываем оснастку "Локальная политика безопасности"
2. Переходим в "Локальные политики" - "Параметры безопасности"
3. Ищем "Интерактивный вход в систему: Не требовать нажатия Ctrl-Alt-Del" и ставим в "Отключен"

После этого система запрашивает нажатие Ctrl-Alt-Del при входе в систему, но зато и система отключается.