[Artem Nikitin]

Можно их удалить. Того что нет физически - смело. В принципе если они уже выведены из контроллеров домена то особых проблем не возникнет. Надо смотреть настройки новых других контроллеров и серваков. Удали все репликации и связи со старыми контроллерами. Ну и ничего страшного произойти не должно.