[Admiral]

SendKeys.Send не интересуется чем закончилась передача, а SendKeys.SendWait будет дожидаться реакции от приложения в которое отправили программно клавишу, а уже потом продолжит выполнять дальнейшие действия.

Проверяя параметры запуска My.Application.CommandLineArgs(0..n)
пример здесь
есть ещё и другой вариант используя конструкцию вида

Код:

    Public Sub Main(ByVal args() As String)
        ' Pull the commandline arguments out of the args() variable
    End Sub