[El Scorpio]

Отличие внешнего контроллера от встроенного в том, что встроенный инициализируется на этапе POST и инициализирует диски, а внешний - после POST (по крайней мере, на десктопных материнках), поэтому изначально материнка не видит диска на внешнем контроллере. »

Устройства, подключенные к стандартному контроллеру, тестируются на первом этапе POST программами, записанными в основной BIOS.
Устройства, подключенные к внутреннему RAID-контроллеру или к внешнему контроллеру, тестируются на втором этапе POST программами, записанными в основной BIOS, поэтому в момент завершения POST и начала загрузки ОС они вполне доступны.

А в BIOS-е что-либо настраивать бесполезно »

Установить в BIOS первым загрузочным устройством SCSI - тогда система будет пытаться использовать загрузчик с первого диска первого доп. контроллера. Точнее, стандартный BIOS попытается передать управление в BIOS первого найденного доп. контроллера.

загрузчик пишется на IDE, так как IDE приоритетнее SATA »

А по моему, загрузчик пишется на тот диск, который указан в свойствах BIOS, как загрузочный.