[Oleg Krylov]

Поподробнее некоторые момент:
1. Каким образом поставили Exchange на второй машине? Откуда он у вас берет информацию о базах?
2. Я так понимаю, что чистку AD от Exchange-аттрибутов вы не проводили...
3. Попытка деинсталлирования Exchange с дистрибутива предпринималась?
Поясню, что хочу узнать:
При неизменном имени сервера, установка с ключом /disasterrecovery воссоздает полностью идентичный сервер. Если Вам это по каким-либо причинам не удалось, пытайтесь провести деинсталляцию, для удаления связанных с Exchange аттрибутов из AD. Eckb и это не удалось, вооружаетесь ADSIedit и чистите каталог руками. Это избавит вас от хвостов старого сервера в AD. Для наполнения новых хранилищ ипользуйте утилиту ExMerge для слияния ящиков и импорта данных в базу Exchange из пользовательских pst-файлов.
Лишний раз есть возможность оценить прелести резервного копирования.