для текущего пользователя можно так:
Код:

Set WSHShell = WScript.CreateObject("WScript.Shell")
RegLoc = "HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\"
WSHShell.RegWrite RegLoc & "ProxyEnable",1,"REG_DWORD"
WSHShell.RegWrite RegLoc & "ProxyServer","192.168.0.98:3128"