[br0m]

Что значит все коннекты? А любой ли трафик проксируется вы не задумывались? И вообще восновном программы отдельно настраиваются на использование прокси. Можно использовать прозрачное проксирование через squid с использованием natd например, но тогда это самое проксирование на сервере отключать придется.