[Dirk Diggler]

Не вижу смысла разносить профиль более чем на 1 раздел, а с подводными камнями - могу лишь предположить проблемы с разрешением %ProgramFiles% в сценариях и получением значения этой же переменной через WMI. Также некоторые программы не утруждают себя этим вообще и ставятся исключительно на диск C:, и Program Files\Common Files ищут там же. Я-таки поступил проще, ибо форматированием раздела для переустановки системы я не пользуюсь, а посему если вдруг чего, ставлю систему рядом с существующей, профиль вынесен на D:, там же лежит небольшой скрипт, подцепляющий его на новую систему.

Вам лучше сесть, подумать, понять, что вы хотите, а затем - разбить задачу на некот. количество более КОНКРЕТНЫХ И МЕЛКИХ задач, а вот уже какие решить сами не сможете - обратиться к сообществу.