[Alexandre]

Уточнить бы, что значит "система видит". Если при определении в БИОСе - это одно, если потом после загрузки виндов  - другое. У меня была однажды ситуация, когда не удалось на одной маме заставить работать два винта. По отдельности - прекрасно, а вместе - никак, БИОС вообще не хотел видеть один винт (850Мб, давно это было...), когда его устанавливали вместе с другим и никакие шлейфы и перемычки не помогли. А на другой машине - все без проблем заработало.
Описанная ситуация похожа на то, что мама не поддерживает большой винт, хотя и делает вид, что его распознала. Тогда при загрузке виндов с маленького диска большой появится, а наоборот будут проблемы.