[Angry Demon]

Плюс, я не знаю где в Win98 посмотреть какие прерывания что использует.

Так же, как и в ХР: правой мышой на Мой компьютер -> Свойства, закладка "Диспетчер устройств". Двойной клик на устройстве, закладка "Ресурсы".

Итого, задача номер два - как перетащить на новый комп со старого винчестера папки с файлами спектров так, чтобы чтобы не использовались средства OS Win, или иным путём

Воспользоваться DOS-явым файл-менеджером, например, DOS Navigator, Volcov Commander и т.д. А если на старой машине поочереди загружать в родную программу файлы данных, а сохранять под другим именем латиницей?