[DVDshnik]

Проблема появилась, когда я пыталась подключить съемный винчестер, после чего эти порты перестали работать.

Именно так оно обычно и бывает. Однако, совершенно не понятно, почему оказался неработоспособным PCI USB контроллер. Попробуйте-таки его поменять.